Sonic, Knuckles și Tails se reunesc împotriva unui nou adversar puternic, Shadow, un răufăcător misterios cu puteri diferite de orice s-au confruntat până acum. Cu abilitățile lor depășite din toate punctele de vedere, Echipa Sonic trebuie să caute o alianță puțin probabilă în speranța de a opri Shadow și de a proteja planeta.
După ce s-a întâlnit cu noul președinte al SUA, Thaddeus Ross, Sam se trezește în mijlocul unui incident internațional. El trebuie să descopere motivul din spatele unui complot global nefast înainte ca adevărata minte să facă întreaga lume să vadă roșu.