Rikka is a ninja descendant. Her grandfather Hyoe is the last chief of their ninja clan and her father is a cyborg researcher. Both are killed when a weapons' company raids his lab to use his research. Rikka sets out to avenge their deaths.
Un grup misterios numit Humarize crede cu tărie în teoria Quirk Singularity Doomsday care afirmă că atunci când ciudățeniile se amestecă mai mult cu generațiile viitoare, acea putere va aduce sfârșitul umanității. Pentru a-i salva pe toți, pro-eroii din întreaga lume le cer eroilor în curs de formare ai Academiei UA să-i ajute și să formeze o echipă de eroi selectați la nivel mondial. Depinde de eroi să salveze lumea și viitorul eroilor în cea mai periculoasă criză care a avut loc până acum în My Hero Academia.
Regele Regis din Lucis le ordonă ostașilor săi din Spada Regelui să oprească armata din Niflheim înainte de a invada și a fura cristalul care dă putere regatului Lucis.
Tinerele țestoase și redutabilele lor puteri de ninja sunt puse la încercarea supremă când creaturi nemiloase din alt univers încearcă să dezlănțuie haosul absolut.